Ardahan Devlet Hastanesinde tedavi gören Muhlis Köksoy, 17 Kasım 2012 Tarihinde hayata gözlerini yumdu. Cenazesi 18 Kasım 2012 Tarihinde Ardahan Hanak İlçesi Baştoklu Köyü camiisinde kılınan ikindi namazından sonra Baştoklu köy mezarlığına eş-dost, ve sevenleri eşliğinde defin edildi.
Cenaze Törenine; AK Parti Ardahan Milletvekili Prof.Dr. Orhan Atalay, AK Parti İl Başkanı, İl Genel Meclis üyeleri, Belediye Meclis üyeleri, İl Bürokratları, Hanak Belediye Başkanı Taşdemir Çoban, Göle Belediye Başkanı Sabri Muratoğlu, STK mensupları, köylüleri ve yakınları katıldı. Merhum Muhlis Köksoy’a Allahtan Rahmet, Köksoy ailesine sabır ve başsağlığı diliyoruz. Ardahan Haber Gazetesi Çalışanları